在“十一五”期间，国家科技计划课题支出预算科目调整的规定限制的比较严格，相关支出科目预算执行超过核定预算10%且金额在5万元以上的，均需要按程序报科技部审批。这一规定虽然严格了科技计划项目预算管理，但由于审批程序流程比较长，也出现了与科研活动不确定性、探索性不相适应的情况，科研人员反映比较多。“十二五“期间，科研项目经费的使用坚持原则性与灵活性相结合，按照支出的不同性质和类型实施分类管理。“这项改革目的在于充分发挥科研人员的主观能动性，增加其经费使用自主权。”条财司相关人员进一步解释说，“对于材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版/文献/信息传播、知识产权事务费等科目的支出，课题组和课题负责人可根据实际需要提出调整申请，由承担单位自行按规定审批，科技部不再行使最终审批权，而是在财务验收时加以确认。对会议费、差旅费、国际合作交流费等科目，科技部将本着勤俭节约的原则严格管理，原则上不允许调增，但可以调减用于相关科研活动支出。”上述规定使预算调整程序得以极大简化，使科研人员能够根据科研项目的实际需要更加灵活、高效的安排科研工作，减轻了科研人员的负担。